Ως γνωστόν, η ΗΔΙΚΑ λειτουργούσε υπό ένα καθεστώς σχετικής αυτονομίας, ως Ανώνυμη Εταιρεία, και υπό την εποπτεία δύο υπουργείων, του Εργασίας και του Υγείας.
Αυτή η αυτονομία πλέον δεν θα υπάρχει, ενώ δεν έχει διευκρινιστεί τι θα γίνει με τα πολύτιμα προσωπικά δεδομένα των ασθενών, τα οποία έχει υπό την ευθύνη της, μέσω του ηλεκτρονικού φακέλου της της ηλεκτρονικής συνταγογράφησης.
Οι εργαζόμενοι ανησυχούν, καθώς υπάρχει έντονη φημολογία περί κατάργησης του φορέα. Ωστόσο, στο ΦΕΚ που εκδόθηκε δεν αναφέρεται κάτι για το μέλλον του φορέα, αλλά τονίζεται ότι μεταφέρεται στο υπουργείο η ΗΔΙΚΑ ως σύνολο αρμοδιοτήτων, θέσεων και προσωπικού, και με την ίδια μισθολογική κατάσταση και σχέση εργασίας. Ο εποπτεύων υπουργός πλέον θα είναι ο Κυριάκος Πιερρακάκης.
Οι δαπάνες λειτουργίας της ΗΔΙΚΑ εξακολουθεί να βαρύνει έως 31.12.2019 τον προϋπολογισμό που έχει εγκριθεί από τα υπουργεία, οι πιστώσεις του οποίου μεταφέρονται στο Υπουργείο Ψηφιακής Διακυβέρνησης κατά το μέρος που αφορά τις μεταφερόμενες σε αυτό υπηρεσίες.
Σημειώνεται ότι στο υπουργείο Ανάπτυξης και επενδύσεων μεταφέρεται και η Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας του Υπουργείου Παιδείας, η οποία και είναι αρμόδια για αρκετά θέματα που έχουν σχέση με την υγεία.